Родился в городе Акэбоно-тё, расположенном в одном из 23 специальных районов префектуры Токио - Бункё-ку.
Второй из четырёх братьев.
Мать страдала спинным туберкулёзом. В период с 1947 по 1955 она часто находилась в различных больницах,
из-за чего семье приходилось много переезжать.
Будучи в последнем классе старшей школы Тоётама, увидел в кино анимационный фильм Хякудзядэн (Легенда о белой змее).
По его собственным словам, именно с этого момента он твёрдо решил стать аниматором.
В 1963 закончил престижный Университет Гакусюин, факультет политики и экономики.
В университете входил в клуб по изучению детской литературы. В этом клубе изучались, в основном, западные детские книги.
В апреле 1963 получил работу фазовщика в Тоэй Анимейшн. К 1964 года стал председателем профсоюза.
В октябре 1965 женился на коллеге Ота Акэми.
Двое сыновей: Горо и Кэнсуке. Первый против воли отца снял анимационный фильм "Сказания Земноморья",
второй - резчик по дереву.

Миядзаки создал или участвовал в создании множества полнометражных аниме.
Кроме того, он также автор нескольких манг.
Многие его фильмы посвящены теме взаимоотношений человечества с природой и технологиями.

В 1985 вместе со своим коллегой и другом Исао Такахата основал великую "Студию Гибли" (Studio Ghibli, по-японски "Дзибури").
В отличие от других аниме-студий, в основном занимающихся производством ТВ-сериалов и OAV,
эта студия создавалась только для производства высококачественных полнометражных аниме-фильмов,
что в условиях острой конкуренции на рынке Японии очень рисковано — если проект провалится, то фирма сразу обанкротится.
Но Миядзаки и Такахата сопутствовал успех — все их фильмы окупили себя, а большая их часть стала блокбастерами.

В настоящее время Хаяо Миядзаки работает над фильмом-сказкой "Понё на утесе".
Премьера намечена на август 2008 г.
История про рыбку Понё и мальчика Сооскэ, прототипом которого, по словам продюсера Тосио Судзуки,
послужил сын Хаяо Миядзаки, Горо, режиссер "Сказаний Земноморья",
разворачивается на побережье живописного Внутреннего Японского моря,
куда Миядзаки ездил с коллективом студии в 2005 г. отдыхать после "Бродячего замка".